坂本は大津市北部にある地域である。日吉大社参道の両側には比叡山の隠居した僧侶が住む里坊が並び、穴太衆積み（穴太積みとも）と呼ばれる石垣が街路を形成している。戦国時代には三好長慶に敗れた室町幕府12代将軍足利義晴・13代将軍足利義輝と細川晴元らが都落ちしてこの地に逃れ（後に朽木村へ移動）、安土桃山時代には明智光秀により坂本城が築城されたが、本能寺の変や続く山崎の戦い後に明智秀満が城に火を放った。

　坂本の町並みは地域的特色を顕著に示しているものとして、種別「里坊群」「門前町」で重要伝統的建造物群保存地区として選定されているほか、2004年（平成16年）6月15日、歴史的風土保存区域に指定された。

　現在の町名としての「坂本」は、西に隣接し旧滋賀郡坂本村大字坂本を引き継いだ大津市坂本本町より1988年（昭和63年）住居表示施行によって分立したものである。

天海により元和9年（1623年）に創建された。

創建時は延暦寺の末寺であったが、明治9年（1876年）からは日吉大社の末社となり現在に至っている。